Se cuenta que el convento fue originalmente edificado con techo de teja, siguiendo las técnicas constructivas tradicionales de la época. En contraste, el templo anexo adquirió dimensiones notables, reflejo del impulso evangelizador y de la importancia que se le otorgaba como centro espiritual. Con el paso del tiempo, solo han perdurado el templo y algunos vestigios del convento, ambos construidos con materiales propios de la región y mediante la técnica de mampostería, lo que ha permitido su conservación parcial hasta nuestros días.
En el capítulo fechado el 30 de abril de 1606, se documenta la existencia de esta casa, la cual fue asignada al fraile Gonzalo de Rivera, figura destacada en las labores evangelizadoras de la época. En sus primeros años, esta casa funcionó como una visita del convento de Tonalá, sirviendo como punto de apoyo para la expansión religiosa en la región. No fue sino hasta 1608 cuando, en los registros eclesiásticos, se consigna formalmente como parte de los conventos pertenecientes a la nación mixteca, integrándose así a la estructura misional que articulaba el territorio indígena bajo la tutela dominica.