A través de los siglos, el conjunto conventual de Yanhuitlán ha resistido el paso del tiempo, conservando gran parte de su estructura original. Hoy en día, aún se mantienen en pie el majestuoso templo, el claustro, las capillas anexas y diversos espacios complementarios, todos construidos con materiales propios de la región, lo que les confiere una identidad profundamente enraizada en la tierra mixteca.

El interior del templo se distingue por una imponente nave cubierta con una bóveda de nervaduras, testimonio del dominio técnico y estético de los constructores coloniales. La fachada, por su parte, se presenta como un retablo pétreo, compuesto por columnas que enmarcan elegantes nichos, evocando el estilo renacentista que caracterizó muchas edificaciones religiosas del siglo XVI.

Corría el año de 1538 cuando, en el capítulo celebrado el 24 de agosto, se registra por primera vez la presencia dominica en Yanhuitlán. En aquel entonces, fray Domingo de Santa María fue designado como vicario de la comunidad, y la casa fue consagrada bajo la advocación de San Dionisio, patrono que acompañaría los primeros pasos de la evangelización en la región mixteca.

No obstante, los tiempos eran convulsos. En 1542, las tensiones con los caciques locales obligaron a los frailes a abandonar Yanhuitlán, trasladando su residencia a Teposcolula, donde buscaron continuar su labor espiritual en un entorno más estable. Durante seis años, el templo quedó en silencio, testigo mudo de las disputas y del alejamiento de sus custodios.

Fue en 1548 cuando los dominicos regresaron a Yanhuitlán, retomando su misión con renovado fervor. A partir de entonces, la casa adoptó la advocación de Santo Domingo, en honor al fundador de la orden, marcando un nuevo capítulo en la historia religiosa de la región. Finalmente, el 9 de septiembre de 1553, en un nuevo capítulo provincial, se decretó la elevación de esta casa al rango de priorato de la nación mixteca, reconociendo su importancia estratégica y espiritual. Fray Juan Cabrera fue nombrado como su primer prior, iniciando una etapa de consolidación que habría de dejar huella profunda en la vida religiosa, cultural y arquitectónica de Yanhuitlán.