Actualmente se conserva en buen estado el conjunto arquitectónico del convento, que incluye el templo principal, el atrio, la capilla abierta, el convento y los claustros alto y bajo. La construcción se realizó con materiales rústicos propios de la región, como piedra caliza, cal y cantera, lo que le confiere una apariencia sólida y austera, típica de las edificaciones virreinales del siglo XVI.

El techo del templo destaca por sus nervaduras, una técnica arquitectónica de origen gótico que fue adaptada en la Nueva España para dar mayor estabilidad y belleza a las bóvedas. En toda la estructura se aplicó la técnica de mampostería, que consiste en el uso de piedras sin labrar unidas con mortero, lo cual refleja tanto la influencia europea como la participación activa de los pueblos indígenas en la construcción.

Este conjunto conventual no solo tiene valor religioso, sino también histórico y artístico, al representar el sincretismo cultural entre las tradiciones indígenas y las formas arquitectónicas traídas por los frailes dominicos durante el proceso de evangelización.

El convento de San Juan Bautista en Coixtlahuaca forma parte del notable conjunto de conventos construidos en la región de la Mixteca Alta durante el siglo XVI, como parte del proceso de evangelización impulsado por la orden de los dominicos. Tras la recuperación de la casa de Yanhuitlán en 1550, el 8 de febrero de 1552 se establece formalmente la doctrina dominica en esta población, bajo la advocación de San Juan Bautista. El primer vicario fue fray Alfonso de Trujillo, quien inició la organización religiosa local.

A partir de ese momento, se comienza la construcción de la capilla abierta y del conjunto conventual, una obra monumental que refleja la fusión entre el arte europeo renacentista y las tradiciones indígenas, conocida como arte tequitqui. Este estilo es característico de las primeras construcciones religiosas en Nueva España, donde los indígenas, guiados por frailes, plasmaron elementos de su cosmovisión en la ornamentación cristiana.

La dirección de la obra se atribuye a fray Francisco Marín, quien supervisó la edificación de uno de los conventos más imponentes de la región. El conjunto arquitectónico no solo cumplía funciones religiosas, sino también sociales y educativas, convirtiéndose en un centro de poder espiritual y cultural en la Mixteca. Su ubicación estratégica en el antiguo señorío de Coixtlahuaca, que había sido un importante centro mixteco prehispánico, facilitó la consolidación del dominio español y la cristianización de los pueblos indígenas.